La primera forma organizacional de los productores que integran el Mercado surgió en 1999 en la feria en Dina Huapi, sobre la ruta ex 237. En 2000 un grupo de personas de diferentes procedencias y formaciones creó la Asociación Civil Surcos Patagónicos con el objetivo de fomentar el desarrollo y la comercialización de los productos artesanales regionales del depto. Pilcaniyeu. En 2001 la Comisión de Fomento de Dina Huapi entrega el terreno (donde actualmente se emplaza el Mercado) en comodato por 10 años a Surcos Patagónicos. Ese mismo año comenzó la construcción del edificio, a través de donaciones y colaboraciones de entidades públicas y también de empresas y organizaciones privadas.

Mientras tanto, se firmó un convenio entre Surcos Patagónicos, el PSA y el INTA para comenzar a trabajar en determinados parajes en la formación de grupos de productores y artesanos. Durante los años 2002 y 2003, se trabajó en la promoción de los objetivos del proyecto de comercialización en distintos parajes del departamento Pilcaniyeu y otros parajes extradepartamentales. Se llevaron a cabo diferentes acciones con los grupos que se iban formando en los parajes, básicamente de organización y promoción. A través de talleres participativos se le dio el nombre al Mercado, y se redactó el primer reglamento interno. Al mismo tiempo, sus integrantes participaban en distintas ferias y exposiciones.

Finalmente en diciembre de 2003 se inauguró el edificio del Mercado y con ello comenzó formalmente la comercialización conjunta en un punto de venta fijo de los productos y artesanías elaboradas por los integrantes de los grupos que se habían formado hasta la fecha.

Ya con el Mercado en marcha comenzó a ejecutarse un plan de capacitaciones, sobre Economía Solidaria, Comercio Justo, Organización y Rol de los Representantes, y también sobre temas productivos: Curtido de Cueros, Construcción de Telares, Hilado, Teñido con Productos Naturales.
En los últimos años, a medida que se iban sumando nuevos socios (dentro y fuera del departamento Pilcaniyeu) y también se ampliaban los grupos de artesanos ya existentes, se continuaba trabajando en el fortalecimiento de la organización y en la capacitación de procesos para la elaboración de los productos. Con ello también iba aumentando, año a año, el volumen de ventas anuales. Además se reforzó la participación en ferias y exposiciones en distintos lugares del país y la gestión comercial. El Mercado iba logrando repercusión regional y nacional. Comenzó a funcionar el Banco de insumos, para poder aportar a los artesanos que lo requirieran materia prima adecuada para la mejora de la calidad final de los productos. También se gestionaron ruecas y escardadoras de uso colectivo para optimizar tiempos de producción y la calidad final de las artesanías.